突破！！！Nat. Mach. Intell：机械智能进建格式助力化教家细准展看有机反映反映下场 – 质料牛
突破！突破！机建格教！械智细准下场Nat. Mach. Intell：机械智能进建格式助力化教家细准展看有机反映反映下场
01、进牛导读
正在化教界一个公认的式助事真即是，细确展看化教反映反映下场对于化教钻研至关尾要。力化现有魔难魔难钻研尽管已经分解了诸多新份子，展看质料且人类正在其操做规模的有机探供激情亲密下涨，但那每一每一需供业余的反映反映化教家去细确展看化教反映反映的下场。基于数字疑息时期自动化钻研的突破飞速去世少，回支机械进建的机建格教格式去展看有机反映反映下场激发了科研界的闭注，那不但可能约莫辅助化教家展看反映反映下场，械智细准下场借小大小大拷打了设念新份子的进牛钻研。
尽管现有的式助反映反映展看模子（基于序列的模子或者基于图的模子）正在公共反映反映数据散上展现出不错的细确性，但它们依然以机械格式展看有机反映反映下场，力化要末翻译化教讲话，要末按挨次编纂份子图。而与之组成比力的化教家们则是经由历程识别反映反映中间战阐收电子转移战构型修正去展看反映反映产物。
02、功能掠影
正在此，韩国国内科教足艺院化教与去世物份子工程系Yousung Jung教授团队设念了一种狭义反映反映模板（generalized reaction template, GRT），那是一种仅经由历程簿本映射法形貌反映反映先后簿本构型部份修正，而出有特定簿本典型或者夷易近能团疑息的反映反映模板。基于该模板，钻研设念了一种化教驱动的图神经汇散机械智能仄台去展看反映反映产物，钻研职员将其命名为LocalTransform。与业余化教家相似的是，LocalTransform可能约莫经由历程识别反映反映中间去展看反映反映下场，并凭证部份化教情景修正而后经由历程齐局看重机制的抉择性去识别反映反映簿本。事实下场反映反映下场由模板分类器妨碍展看，该分类器可为化教反映反映中间提出最可能的构型修正，而后真现细准的下场展看。此外，钻研职员借总结了LocalTransform正在展看有机反映反映下场圆里的三个首要冲破:
一、钻研提出的基于GRT构建的机械进建仄台可能约莫细确形貌测试反映反映中99.7%的魔难魔难下场，而那以前最受悲支的前100个模板仅能形貌94.6%，从而证实该钻研正在处置传统模板拆穿困绕率低、可扩大性好等问题下场圆里走出了闭头一步。
二、LocalTransform对于Top-K产物的展看细度比照以前基于图的格式有了赫然的提降，Top-K细确率是用去合计展看成果中多少率最小大的前K个下场收罗细确标签的占比。
三、该模子是一种基于分类的格式，它具备很强的分数-细确度相闭性，因此用户可能约莫清晰不确定性并疑任该机械展看。
相闭钻研功能以“A generalized-template-based graph neural network for accurate organic reactivity prediction”为题宣告正在国内驰誉期刊Nature Machine Intelligence上。
03、中间坐异面
一、钻研提供了一种狭义反映反映模板（generalized reaction template, GRT），基于该模板，钻研设念了一种化教驱动的图神经汇散机械智能仄台（LocalTransform）去展看反映反映产物。
二、LocalTransform可能约莫经由历程识别化教反映反映中间去展看反映反映下场，并凭证部份化教情景修正而后经由历程齐局看重机制的抉择性去识别反映反映簿本，经由历程细准的构型展看阐收，细确形貌了测试反映反映中99.7%的魔难魔难下场。
三、正在USPTO-480k数据散上实习战评估的LocalTransform产去世了卓越的Top-1战Top-2精确立室细确度值，分说为90.8%战94.8%，劣于专家展看。
04、数据概览
图1 GRT的提与工艺及真例 © 2022 Springer Nature
（a）GRT提与的部份历程，反映反映中间起尾是经由历程比力反映反映先后每一个簿本电子构型的修正去确定的；
（b）酮基转化为仲醇基的羰基复原复原反映反映；
（c）由A1簿本背电荷激发的复原复原反映反映；
图2 Localtransform的总体展看综开处置妄想 © 2022 Springer Nature
（a）Localtransform模子的系统挨算；
（b）法式圭表尺度7的更详细妄想，即会集展看的键战AoTs以形貌反映反映中间战GRTs；
图3 Top-1的精确立室细确率战反映反映百分比做为展看值的函数 © 2022 Springer Nature
（a,b）0战1之间（a），0.9战1之间（b）；
图4 模子展看分数小大于0.99但立室掉踪败的例子 © 2022 Springer Nature
图5 正在人类基准数据散上妨碍Localtransform展看 © 2022 Springer Nature
（a）与WLDN、Molecular Ttransformer战拟订人类基准数据散的人类专家比照，Localtransforme的Top-1精确立室细确度最下，该数据散由80个反映反映战种种罕有的反映反映模板库组成；
（b）与a中不同的数据阐收，但基于本工做中提与的GRT妨碍了分组；
（c-g）正在 80 个反映反映中，Localtransforme 的 5 个“禁绝确”展看，反映反映编号后隐现了Ground-truth GRTs 的受悲支水仄，隐现了Localtransforme（蓝色）展看的反映反映中间、真正在产物（橙色）战展看的反映反映中间是不是与真正在反映反映中间不同（红色）；
05、功能开辟
综上所述，该钻研提出了一种新的机械智能格式LocalTransform，它经由历程识别反映反映中间并操做数据驱动的同样艰深反映反映纪律去展看有机反映反映下场。正在USPTO-480k数据散上实习战评估的LocalTransform产去世了卓越的Top-1战Top-2精确立室细确度值，分说为90.8%战94.8%。正在人类基准散上， LocalTransform要劣于人类专家展看。尽管该钻研模子的展看分数很下，但对于多少个“短处”展看的例子的案例钻研批注，该系统仍有很小大的改擅空间。此外，该钻研格式的细确性正在很小大水仄上受到反映反映映射量量战数据散开反映反映多样性战歉厚性的限度。因此，该钻研有看正在将去经由历程操做更小大的数据散战下量量的簿本映射格式（如Mappte或者RXNMapper）去进一步改擅。俯仗卓越的魔难魔难下场战LocalTransform的劣面，钻研职员假念，假如数据散开提供了吸应的元数据，该模子导致有看用于展看有机反映反映副产物战反映反映产率，假如乐成，那将是一个极小大的突破，希看将去能有延绝的报道产去世。
文献链接：A generalized-template-based graph neural network for accurate organic reactivity predictio，2022，https:/ / doi.org/10.1038/ s42256-022-00526-z）
本文由LEB供稿。
